进入21世纪，随着“云冈学”的不断深入研究，中外学者对云冈石窟的研究异常活跃，涌现出一批新生代学者，成为云冈石窟研究的重要力量，发表的学术论文和专著颇多，研究的成果从不同方面探讨了云冈石窟的历史、艺术、考古和宗教等，提出的诸多新颖而独特的见解，引起国内、外学界的高度重视。

2000年~2009年间，是“云冈学”研究辉煌的时期。2005年7月，云冈石窟文物研究所编著《云冈百年论文选集》，将20世纪初以来100余年的云冈石窟研究成果集合成集，收集各类研究云冈石窟的论文74篇，概括地将云冈石窟百余年来的研究成果作了集中展示。最为重要的是2005年7月26～30日随后召开的云冈国际学术研讨会，成为检阅云冈石窟研究成果的盛会。由大同市人民政府主办、大同市文物局和云冈石窟研究院具体承办的“2005云冈国际学术研讨会”，在山西省大同市成功召开了，这次会议是我国文物界规模最大的一次国际性石窟学术研讨会。大同市委、市人民政府向出席研讨会的各位领导及各位专家学者表示热烈的欢迎，国家文物局副局长张柏在开幕式上进行了热情而诚恳的讲话，来自中国、美国、德国、日本、韩国等11个国家和港台地区的300多位知名学者出席了这次盛会。之后结集出版的《2005年云冈国际学术研讨会论文集》（保护卷、研究卷），文物出版社2006年8月，分别收集论文63篇和57篇。集中体现了云冈石窟乃至其他石窟寺研究与保护方面的重要论文集。

这十年间，云冈石窟文物研究所撰写的云冈石窟申报列入《世界文化遗产名录》文本，2001年获得山西省社科联“百篇工程”一等奖；同时发表与出版了大量的具有重要价值的学术报告、论文与专著。云冈石窟文物研究所《云冈石窟第3窟发掘简报》，发表于《文物》2000年6期；李凭《北魏平城时代》由社会科学文献出版社出版；王恒《云冈佛经故事》，山西人民出版社2000年；（日）八木春生《云冈石窟纹样论》，法藏馆2000年；中国石窟雕塑全集编辑委员会编《中国美术分类全集•中国石窟雕塑全集•云冈》（第三卷：李治国主编），重庆出版社2001年3月；韩府（校勘 注释）《历代咏云冈石窟诗萃—附历代咏大同名胜古迹历史风物诗选》，中国文史出版社2002年5月；王恒《云冈佛经故事》，山西人民出版社2002年３月；阎文儒《云冈石窟研究》，广西师范大学出版社2003年6月；聂还贵《雕刻在石头上的王朝》，中华书局2004年8月；王恒《云冈石窟佛教造像》，书海出版社2004年3月；（日）冈村秀典《云冈石窟•遗物篇》，日本朋友书店2006年2月；2006年张焯的《云冈石窟编年史》问世，成为目前云冈石窟的第一部通史。发表的主要论文，（日）石松日奈子《云冈中期石窟新论——沙门统昙曜的地位丧失和胡服供养人像的出现》（姜捷译），《考古与文物》2004年第5期；张焯于2005年4月1日在《中国文物报》发表《〈大金西京武州山重修大石窟寺碑〉小议》一文，发现碑文中“多处语句抄写窜行，使得文意混乱，难以明了”，从而对“碑文中的错乱语句进行了梳理，”形成一篇“一气呵成，环环相扣，层层深入”而文意通顺的精彩篇章。根据修正后的碑文内容，就“关于金代外护的段落”、关于“十寺”和护国寺等问题做了非常有益的说明和探讨。

2010年~2011年间，“云冈学”研究以不同的角度与形式呈现出百家争鸣的氛围，使学术框架更完整，标志着“云冈学”研究进入了一个新的发展时期。2011年6月21~22日，为了进一步加强云冈石窟的学术研究交流，由云冈石窟研究院主办的“2011'中日云冈学术研讨会”在云冈石窟举行，主题为“石窟考古与石窟艺术研究”。来自日本筑波大学的八木春生一行与云冈石窟研究院专家学者等，展示了云冈这一学术研究领域上取得的新成果，并进行了云冈佛教艺术表现方面的交流。此次中日两国的云冈学术交流会，将对于推动云冈石窟研究事业的蓬勃发展，具有深远的影响和意义；2011年11月3日由中共大同市委宣传部主办，云冈石窟研究院承办的大同市青年女画家王晨“云冈装饰图案画展”研讨会与画展在云冈石窟举行。与会专家学者一致认为，该书对推动云冈装饰纹样研究的发展具有积极的意义；2011年10月22日来自大陆和台湾两地的佛教界人士和佛教石窟寺考古的专家学者齐聚云冈石窟研究院，就《中国石窟大佛记》与云冈大佛的雕刻艺术特点发表了各自的意见和建议。

此外，这两年间出版的专著如赵昆雨《云冈石窟佛教故事雕刻艺术》，江苏美术出版社，2010年8月；李凭《拓跋春秋》，浙江文艺出版社，2010年1月；冯骥才主编《中国大同雕塑全集•云冈石窟雕刻卷》（上、下）中华书局，2010年9月；王晨绘著《云冈石窟装饰图案集》，天津人民美术出版社，2011年1月；张焯主编《中国石窟艺术•云冈》，江苏美术出版社，2011年。发表的主要论文，《大同云冈石窟窟顶北魏寺庙遗址》，《中国文物报》2011年1月7日。云冈石窟研究院《云冈石窟测绘方法的新尝试——三维激光扫描技术在石窟测绘中的应用》（王恒执笔），《文物》2011年第1期；《激光扫描技术为云冈石窟建“数字档案”》，《北京档案》2010年第2期；张焯《云冈石窟源流考略》，2011年7月8日发表于《中国文物报》文章从四个方面深入的阐述了佛教东传的波浪式轨迹、云冈石窟开凿的历史因缘、东方佛教艺术的旷世绝唱、平城时代对中国佛教的重大贡献。这二年来出版发表的多种从不同角度介绍云冈石窟的书籍与论文，拓展了学术思维，在宣传和弘扬云冈石窟文化，普及云冈石窟知识等方面，都起到积极的作用，将百年来云冈学的发展脉络作一更新的领域，使其 “云冈学”研究更为完善。