云冈石窟研究院是专门负责云冈石窟保护、研究与管理工作的机构，前身是1952年9月成立的“大同市古迹保养所”；1955年4月，原“大同市古迹保养所”更名为“山西云冈古迹保养所”，办公地址迁至云冈石窟，其管理范围共有六处，即云冈石窟、上华严寺、下华严寺、善化寺、九龙壁及观音堂；1958年8月，机构更改为“山西云冈文物管理所”；1959年3月，更名为“山西云冈石窟文物管理所”；1964年5月，更名为“山西云冈石窟文物保管所”； 1989年9月，成立山西云冈石窟文物研究所，同时撤销“山西云冈石窟文物保管所”；1998年11月，“山西云冈石窟文物研究所”机构规格由科级调整为正县（处）级；2006年8月，正式成立“云冈石窟研究院”。2008年4月，云冈石窟研究院与大同市云冈旅游区管理委员会合并重组，实行一套人马，两块牌子的管理体制，行政隶属于大同市文物局，为正处级事业单位。2019年7月，加挂山西省石质文物保护研究中心牌子，2020年9月，事业单位改革，不再加挂大同市云冈旅游区管理委员会牌子。