1月12日，据大同市机构编制委员会（1999）2号文件，经1999年1月8日市委常委会议讨论：同意组建大同市云冈旅游区管理委员会，隶属南郊区政府。

3月30日，国家文物局在北京召开工程技术专家会议，对云冈石窟修建保护性窟檐的问题进行了专题讨论，同意在第9、10窟前修建保护性窟檐。

4月12～14日，山西省文物局长会议在太原召开，会上黄继忠作了“云冈石窟的科学保护、研究及开发利用”的经验介绍，受到普遍好评。

3月～5月，全面清扫洞窟灰尘，对第5、13、20窟壁画与泥塑进行加固修复。

5～6月，云冈石窟山门、清代戏台落架重修。

6月11日，山西云冈石窟文物研究所宣传接待部被国家旅游局、共青团中央命名为“首批旅游景区全国青年文明号”。

9月1日，云冈旅游专线（从小站到云冈）通车；云冈石窟被评为“山西省十大著名旅游景区”之一。

9月10日，国务院副总理温家宝视察云冈石窟。临别前对所长李治国说：“感谢你给了我好多知识，使我懂得了文物要保护。”

10月6日，俄中友协名誉主席、俄科学院院士、汉学家奇文赫基为团长的俄罗斯 中国友好协会代表团一行参观云冈石窟。

10月，云冈石窟申报列入《世界文化遗产名录》工作启动。